长期以来，“存天理、灭人欲”一直被当作朱熹的发明而流传。事实上，这一概念在《礼记·乐记》中已经出现，其中说道：“人化物也者，灭天理而穷人欲者也。于是有悖逆诈伪之心，有淫泆作乱之事。”这里所谓“灭天理而穷人欲者”就是指泯灭天理而为所欲为者。二程说：“人心私欲，故危殆。道心天理，故精微。灭私欲则天理明矣。”这里所谓“灭私欲则天理明”，就是要“存天理、灭人欲”。后来，朱熹说：“孔子所谓‘克己复礼’，《中庸》所谓‘致中和’，‘尊德性’，‘道问学’，《大学》所谓‘明明德’，《书》曰‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’，圣贤千言万语，只是教人明天理、灭人欲。”
在朱熹看来，“存天理、灭人欲”是儒学的精髓之所在。需要指出的是，朱熹在“存理灭欲”理论上的作为，更多的在于阐明如何实现“存理灭欲”。在朱熹那里，“人欲”，指的是“私欲”，与人的正当欲望并非同一概念。比如，“若是饥而欲食，渴而欲饮，则此欲亦岂能无？”“同是事，是者便是天理，非者便是人欲。如视听言动，人所同也。非礼勿视听言动，便是天理；非礼而视听言动，便是人欲。”可见，朱熹所说的“人欲”是指那些超出了正当要求以及违反了社会规范的欲望。因此，朱熹并不一概反对人的欲望。他说：“如‘口之于味，目之于色，耳之于声，鼻之于臭，四肢之于安佚’，圣人与常人皆如此，是同行也。然圣人之情不溺于此，所以与常人异耳。”朱熹反对的是沉溺于人的欲望之中。他甚至还说：“人欲也未便是不好。谓之危者，危险，欲堕未堕之间，若无道心以御之，则一向入于邪恶，又不止于危也。”认为人欲只要有“道心以御之”，就“未便是不好”。同时，朱熹也不是盲目地抵御外物的诱惑。他反对司马光“扞御外物”的思想，说：“夫外物之诱人，莫甚于饮食男女之欲，然推其本，则固亦莫非人之所当有而不能无者也。但于其间自有天理人欲之辨，而不可以毫厘差耳。……今不即物以穷其原，而徒恶物之诱乎己，乃欲一切扞而去之，则是必闭口枵腹，然后可以得饮食之正，绝灭种类，然后可以全夫妇之别也。”显然，朱熹并不是一味地“扞御外物”，而是要求通过“即物以穷其原”，正确区分天理与人欲。
至于如何实现“存理灭欲”，朱熹的思想主要包括三个方面：
其一，“存理灭欲”首先要“认取那个是天理，那个是人欲”。朱熹说：“天理人欲，其间甚微。于其发处，仔细认取那个是天理，那个是人欲。知其为天理，便知其为人欲。既知其为人欲，则人欲便不行。”“自一念之微，以至事事物物，若静若动，凡居处饮食言语，无不是事，无不各有个天理人欲，须是逐一验过。虽在静处坐，亦须验个敬、肆。敬便是天理，肆便是人欲。”在朱熹看来，要“存理灭欲”，首先要“认取那个是天理，那个是人欲”，“天理人欲，须是逐一验过”。只有通过明理，才能灭去私欲，所以，朱熹更多地讲“明天理、灭人欲”。
其二，“存理灭欲”是复归于人的本心的必要环节。朱熹《大学章句》认为，人的本心“虚灵不昧，以具众理而应万事”，“但为气禀所拘，人欲所蔽，则有时而昏”，“故学者当因其所发而遂明之，以复其初也”。这就是复归于人的本心，即所谓“明明德”。朱熹还说：“‘孩提之童，莫不知爱其亲；及其长也，莫不知敬其兄。’人皆有是知，而不能极尽其知者，人欲害之也。故学者必须先克人欲以致其知，则无不明矣。”可见，在朱熹那里，“存理灭欲”是属于自我修养、复归于人的本心的道德范畴，即使是统治者也必须遵从。朱熹曾在奏札中指出：“人主所以制天下之事者，本乎一心。而心之所主，又有天理人欲之异，二者一分而公私邪正之涂判矣。盖天理者，此心之本然，循之则其心公而且正；人欲者，此心之疾疢，循之则其心私而且邪。”因此，在朱熹看来，“存理灭欲”，就是要通过明辨天理人欲之异，复归于人的本心。
其三，“存理灭欲”是一个循序渐进、自然而然的过程。在朱熹看来，尽去人欲，“这事不易言，须是格物精熟，方到此”。他还说：“今日格一物，明日格一物，正如游兵攻围拔守，人欲自消铄去。”因此，他要求在体认出天理人欲之后，“著力除去了私底，不要做，一味就理上去做，次第渐渐见得，道理自然纯熟”。朱熹还说：“既知学问，则天理自然发见，而人欲渐渐消去者，固是好矣。”显然，在朱熹看来，“存理灭欲”并不是单纯地通过外在的力量，而是要通过个人自身的道德修养，循序渐进，“自然纯熟”。
朱熹“存天理、灭人欲”在理论上的缺陷，是把天理与人欲对立起来，所谓“天理存则人欲亡，人欲胜则天理灭”。这就有可能把属于社会伦理的“天理”看作独立于人之外的存在，在社会还没有制定出合法的程序来确立“天理”的内容时，而被任意赋予各种规定，从而造成如清代戴震所说的“以理杀人”。当然，这并不是朱熹提出“存天理、灭人欲”所希望看到的。
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