据教育部副部长张保庆介绍，国家助学贷款制度是1999年正式提出来的，这是高校适应高等教育规模扩大的一个产物，也是保证我国高等教育持续健康发展的一项措施。
提出建立国家助学贷款制度是基于这样一个基本判断：我们原来的一些资助困难学生的政策和措施覆盖面太小了。因为原来的政策是建立在高等教育规模比较小的基础上的，但1999年以后，高等教育规模扩大了。另外国家各个方面的情况发生了很大的变化，我们一方面是要资助困难学生，但资助困难学生的办法不能是政府包下来的，这是一个基本出发点。
时任国务院副总理的李岚清同志在英国出访时发现，国外有一种专门针对高等学校学生的助学贷款。李岚清同志就派人去调查，回来之后，就和财政部商量，提出要建立国家助学贷款这样一个制度。
根据中国的情况，国家助学贷款的性质既不是一般的商业贷款，也不是完整意义的政策贷款。一方面，国家要贴息一半，另一方面，有规定的还款时间，学生还要支付利息的一半，毕业以后要还款。国家助学贷款的操作交给了商业银行。1999年，国家助学贷款开始在北京、天津、上海等8个城市做试点，一年以后，也就是2000年秋季开始在全国全面推广。到2002年，共发放助学贷款20多亿元。
然而，最初的制度设计有些不合理，导致贷款速度越来越慢，几近停止。
比如还贷问题。原来制度设计是学生在校4年贷款，毕业后4年还清。这样就产生了问题：相当多的高校毕业生毕业以后不能马上找到工作，因此马上还款不现实，但不还款就造成了违约。
还有就是银行积极性不高。因为风险补偿的问题没有很好落实，有些经办的商业银行不太积极，所以贷款额度远远满足不了贫困大学生的实际需求。
同时，旧的制度在操作上也有些问题。比方说，原来是信用贷款、无担保贷款，学生所在的学校只提供一个名单，所有的审批程序到发放贷款，全部由经办银行来承担，这样就产生两个问题，首先是经办银行的工作量很大，其次是运行成本很高，这样也影响了国家助学贷款工作的推进。
此外，部分高校的领导、地方的领导，对高校助学贷款工作的重要性认识不深，所以有些地方也没有下大力气去落实这一工作。
根据实际工作中出现的情况，2003年下半年，教育部和财政部、银监会、中国人民银行开始会商，对国家助学贷款制度进行改革，2004年上半年提出了对国家助学贷款运行机制和操作政策进行重大调整。
这次政策调整的针对性很强，针对前几年国家助学贷款制度运行过程中所发生的问题调整了利息的补贴办法、还款年限，改变了操作机制，建立了风险补偿基金，成立了国家助学贷款管理中心，各省、各校的助学贷款工作都有专人管理，建立信息网络系统，等等。
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